La reprogramación del motor actúa de forma diferente al chip de potencia. Consiste en añadir nuevos datos al mapa motor original mediante el puerto de diagnóstico (OBD). Además, tiene mayores inconvenientes.
 El primero de ellos se debe a los numerosos riesgos de pérdida de garantía a los que se exponen los adeptos de la reprogramación. Algunos de esos riesgos son:


1/ En caso de visita al concesionario por una avería sencilla (como un incorrecto funcionamiento de los limpiaparabrisas), si el técnico no logra repararlo, deberá recopilar los datos del vehículo mediante el puerto de diagnóstico y remitir el archivo al fabricante. Al analizarlo, este último se dará cuenta, inmediatamente, de que se ha efectuado una reprogramación del motor y anulará la garantía.


2/ Debido al contexto de crisis que ha sufrido el sector del automóvil, los fabricantes prestan especial atención a las condiciones de aplicación de la garantía. Algunos de ellos (y este es un fenómeno que se está extendiendo rápidamente) suelen invitar aleatoriamente a los clientes a que realicen una visita de control al concesionario, especialmente aquellos que hayan adquirido su vehículo hace relativamente poco tiempo. Si el cliente rechaza la invitación, la garantía quedará anulada. Si la acepta y, durante el control, se comprueba que ha sometido el motor a una reprogramación, la garantía también quedará anulada.

3/ En un creciente número de vehículos que se someten a una reprogramación, se activa un temporizador. De este modo, el vehículo funciona hasta que finaliza la cuenta atrás... Llegado ese momento, el vehículo se bloquea y no puede volver a arrancarse si no se acude a un concesionario que disponga del equipamiento necesario para eliminar ese bloqueo electrónico. Una operación de provoca la anulación de la garantía, dado que se han modificado los parámetros de fábrica.

Como el chip de potencia P-Tronic no modifica la electrónica original y actúa como una reprogramación externa, no expone a los propietarios de los vehículos al riesgo alguno de pérdida de la garantía.

Otro problema de la reprogramación es su carácter efímero. De hecho, son muchas las marcas que obligan a sus concesionarios a que actualicen la informática de los vehículos en cada revisión. Esto implica la eliminación de los datos guardados del mapa motor y, por tanto, de la reprogramación. Evidentemente, no hay nada que nos impida volver a repetir la operación tras cada revisión, sin embargo, a largo plazo, resulta una práctica bastante cara… Por su parte, el chip de potencia P-Tronic no se ve afectado por estas modificaciones. Sigue funcionando normalmente tras el reinicio de la electrónica original.

Además, por lo general, las reprogramaciones hacen saltar los dispositivos de seguridad del fabricante, lo que facilita la rotura del motor. El chip de potencia P-Tronic trabaja en perfecta afinidad con los dispositivos de seguridad y los mantiene activos en todo momento.

Por último, si desea deshacerse de su vehículo, la reprogramación se irá con él. Con un chip de potencia P-Tronic esto no ocurrirá, ya que se desmonta en unos instantes. Se puede volver a vender a buen precio (un chip de potencia P-Tronic apenas pierde valor con el tiempo, dado que el creciente valor de sus componentes hace que también suban las tarifas) o se puede reinstalar en otro vehículo compatible. A veces, el cambio de vehículo implica añadir un nuevo software al chip de potencia.